I oktober 1941 dr. Franz Stahlecker, an Einsatzgruppen sjef tildelt Østersjøregionen, rapporterte om metoder tatt mot den jødiske befolkningen i Litauen:

”For å oppfylle sikkerhetspolitiets oppgaver var det nødvendig for oss å komme inn i de store byene sammen med de angripende styrkene ... En liten fremadstøtende gruppe som jeg selv stod for, gikk inn i Kovno 25. juni 1941.

Den første handlingen var å fange kommunistiske aktivister og kommunistisk materiale ... De første timene etter at styrkene kom inn, overtalte vi, ikke uten store vanskeligheter, lokale antisemittiske elementer til å starte pogromer mot jøder.

I samsvar med ordrer var sikkerhetspolitiet fast bestemt på å løse det jødiske spørsmålet på alle måter og med besluttsomhet. Men det var å foretrekke at sikkerhetspolitiet i første omgang i det minste ikke skulle vises åpenbart i denne handlingen, fordi metodene som ble brukt var ekstraordinære harde og kan ha forårsaket reaksjoner selv i tyske miljøer. Det var ønskelig, utad, å vise at de første trinnene ble gjort av lokalbefolkningen på eget initiativ, som en naturlig reaksjon på deres underkastelse av jødene i flere tiår ...

Kommandanten for partisanerne, Klimatas, som ble spesielt rekruttert til denne aksjonen, lyktes i å organisere en pogrom i samsvar med instruksjonene han fikk av vår fremadgående avdeling som ble aktivert i Kovno, uten at det viste seg utad at instruksjon eller oppmuntring hadde blitt gitt av tyskerne.

I løpet av den første natten av pogrom, mellom 25. og 26. juni, likviderte de litauiske partisanerne 1,500 jøder, mange synagoger ble brent eller ble ødelagt og et jødisk kvarter med rundt 60 hus ble brent. I løpet av den følgende natten ble 2,300 jøder drept på lignende måte. ”